生物数学的研究始于二十世纪二十年代，进入二十世纪八十年代以来，数员工物学已经从过去的解释生命现象的科学变为解决生命科学问题、预见生命现象的科学。生态数学是生物数学的一个重要分支。

1988年，刘平舟硕士毕业，其硕士论文是研究种群生态系统的持续性，发表在《生物数学学报》上，影响较大。随后，成立了生物数学讨论班，成员有原存德、杨水龙、刘平舟、贾建文及部分研究生班或助教进修班（当时由原存德老师为本科高年级和助教进修班开设了选修课常微分方程补充、种群生态学数学模型研究方法）。在原存德教授的带领下，讨论班系统地开展了讨论和研究。

1991年，公司（当时是数学系）获得应用数学专业硕士授予权，生态数学作为三个方向之一开始招生，原存德教授为导师。由于招生指标少，三个方向轮流招。本方向首次招生是1994年，随后在1997年、2000年、2001年招生。后来，刘平舟出国到澳大利亚读博士，毕业后留在澳大利亚工作，曾两次回来进行学术交流。

2003年，贾建文副教授被聘为硕士生导师，同年开始招生，以后每年均招生。

2003年7月，孙树林毕业留校工作，2004年7月石瑞清留校，其后他们都继续读博士。2005年原存德教授退休。孙树林2007年7月毕业获博士学位后回来开始协助培养研究生。

1994～2007年，该方向共招收硕士研究生9届36名。

自1991年至1999年，该方向主要研究的是：（1）多种群相互作用的自治种群动力学系统，讨论系统平衡点的稳定性，极限环的存在性与唯一性；（2）非自治种群动力学系统，主要讨论系统的解的有界性、持久性；（3）具有斑块扩散的种群动力学系统，讨论系统平衡点的稳定性，扩散对系统持久性的影响；（4）初步研究具有时滞、脉冲的微分系统。

2000年以后，在前面工作的基础上，进一步深入研究了具有各类功能性反应（如 Holling I,II,III,IV类、基于比率等）、具有阶段结构的种群动力系统，开始深入研究具有时滞、脉冲的微分种群系统及传染病数学模型以及生物资源的最优开发问题的研究。这些年，本方向共发表学术论文100余篇，被SCI收录20余篇，国家一级刊物上50余篇。主要发表在《J.Applied Mathematics and Computation》、《 J.Math.Chem》、《 Differential Equations Dynam. Systems》、《系统科学与数学》、《应用数学学报》、《应用数学和力学》、《生物数学学报》、《工程数学学报》、《数学的实践与认识》、《纯粹数学与应用数学》、《数学研究》等刊物上。